第二季紧接第一季结局，雪村千鹤为了救土方岁三而饮下变若水，成为半人半鬼的存在。幕府势力崩溃，新选组被迫流亡至虾夷地（北海道），建立箱馆政权。在明治新政府的围剿下，土方岁三带着仅存的队员和千鹤进行最后的抵抗。这一季中，每个鬼族队员都在面临人性与鬼性的撕扯，逐渐失去理智化为真正的“罗刹”。千鹤要在拯救爱人和阻止更多悲剧之间做出选择。最终，土方岁三在箱馆五棱郭之战中迎来悲壮的结局。千鹤将新选组的历史记录下来，永远流传。
画面精致度比第一季提升明显，打斗作画流畅爆炸。剧情忠实于历史，悲剧美学发挥到极致。土方岁三的最后一战看得人肝肠寸断。这是一部让历史爱好者也挑不出毛病的佳作。
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